Im 2. Jahrtausend n. Ch. bildeten zahlreiche kleine Häuptlingsherrschaften, die an den großen Seen beheimatet waren, ein gemeinsames Handelsnetzwerk. Mitte des 15. Jahrhunderts schlossen sich einige Häuptlinge zusammen und gründeten den Staat Kitara im Südwesten des heutigen Uganda, aus dem das Königreich Bunyoro, das mächtigste Reich des heutigen Uganda zu jener Zeit, hervorging. Ungefähr zeitgleich gründeten nilotische Stämme das Königreich Buganda östlich vom Viktoriasee. Im 17. und 18. Jhd. dominierte das Königreich Buganda, das dem heutigen Staat seinen Namen gab, die Seenregion.
Schon griechische und römische Händler der ersten Jahrhunderte n. Chr. kannten die ostafrikanische Küste (des heutigen Kenia und Tansania). Doch erst der Islam schaffte es im 7. und 8. Jhd, ein umfangreiches Handelssystem mit Arabien, Indien und dem Persischen Golf zu errichten. Arabische Händler nutzten die Monsunwinde, um mit ihren Schiffen zwischen Mogadischu und dem Lamu-Archipel (Inseln vor Kenia) hin- und her zu segeln.
Mit Ankunft der Portugiesen im 15. Jhd. wurde jene rege Handelstätigkeit unterbrochen. Gegen Ende des 17. Jhd. jedoch vertrieben die Omanen die Portugiesen, nahmen ihre Stelle als Besetzer ein und setzten die Handelstätigkeit mit dem Orient wieder in Gang. Dies hatte im Laufe der Zeit weitreichende Auswirkungen auch auf die Binnenstaaten wie Uganda, Rwanda und Burundi. Mitte des 19. Jhd. erschlossen Karawanen die Region der großen Seen und banden diese an das Handelssystem des Indischen Ozeans an. Wichtige Exportartikel der Region waren Sklaven und Elfenbein. Buganda wurde größter Sklavenexporteur in der nördlichen Seenregion.
Trotz des großen Einflusses des Islam behielt das Königreich Buganda seine Gebiete vorerst unter eigener Kontrolle.
Ende des 19. Jahrhunderts dehnten die Briten ihre Herrschaft auf Ostafrika aus und auch die Deutschen erhoben Anspruch auf Gebiete im östlichen Afrika und setzten sich im heutigen Uganda, Ruanda und Tansania fest. Um Ägypten, Groß-Britanniens wichtigste afrikanische Kolonie, zu sichern, brauchte Groß-Britannien u.a. die Kontrolle der Nilquellen, die sich in Uganda befanden (und noch immer befinden). Daher erhielt die Imperial East Africa Company 1888 den Auftrag, Uganda zu besetzen. Benötigt dazu wurde eine Bahnverbindung von Mombasa (Kenia) zum Viktoriasee, die mit Staatszuschüssen gebaut werden sollte. Doch dies war dem Parlament zu teuer, da vom Deutschen Reich besetzte Gebiete erobert werden mussten. Kolonien sollten ja dem Mutterland Geld bringen und nichts kosten. Aufgrund der weltpolitischen Lage gab es eine weniger kostspielige Möglichkeit, indem sich Groß-Britannien und das Deutsche Reich im Helgoland-Sansibar-Vertrag 1890 u.a. auf folgendes einigten: Groß-Britannien tritt seine Insel Helgoland und den „Caprivi-Zipfel“ im Nordosten Namibias an das Deutsche Reich ab und unterstützt es bei Verhandlungen um den vollen Erwerb des ostafrikanischen Küstenstreifens. Im Gegenzug verzichtete das Deutsche Reich auf alle Ansprüche in Uganda und Kenia. Beide Gebiete wurde britisches Protektorat. Nun konnte die „Uganda-Bahn“ gebaut werden.
Das Königreich Buganda kooperierte von Anfang an mit den Briten, weil es sich – zurecht – Vorteile versprach. Allerdings war die Bevölkerung Bugandas auch durch zahlreiche Epidemien (Schlafkrankheit, Rinderpest) so geschwächt, was einen Widerstand erschwerte. Andere Gebiete versuchten, sich den Briten zu widersetzen, aber erfolglos. Die von den Briten an Buganda gewährten Vergünstigungen riefen Rivalität mit anderen ethnischen Gruppen hervor bzw. intensivierte sie.
In den 1950er Jahren formierte sich ein Demokratisierungsprozess; erste Parteien entstanden. Uganda erlangte seine Unabhängigkeit im Jahr 1962 aufgrund eines Kompromisses zwischen der monarchistischen Partei Bugandas und der im Norden Ugandas dominierten Partei Milton Oboes weitgehend friedlich. König Mutesa II. aus Buganda wurde erster Präsident und Milton Oboe erster Premierminister des neuen Staates Uganda. Doch schon 1966 verdrängte Oboe den König/Präsidenten und führte mit blutigen Massakern ein Einparteiensystem und den „Afrikanischen Sozialismus“ ein. Die schwindende Unterstützung der Bevölkerung für Oboe nutzte General Idi Amin Dada 1971 zum Militärputsch. Unter seiner Diktatur wurden die Verhältnisse noch schlimmer. Amin hielt sich durch systematischen Terror und Massenmord bis 1979 an der Macht. Ein Vorstoß nach Tansania in 1978 löste einen Gegenangriff aus, an dem auch die Rebellenverbände Ugandas beteiligt waren, unter ihnen u.a. der jetzige Präsident Museveni.
Bei Wahlen im Jahr 1980 kam wiederum Milton Oboe an die Macht. Er wütete wie schon einst, ließ politische Gegner ermorden, verfolgte ganze Volksgruppen und herrschte mit Folter und Terror. Ein großer Flüchtlingsstrom ergoss sich in die Nachbarländer. Sein Gegner Museveni ging in den Untergrund und führte mit seiner National Resistance Army (NRA) einen Guerillakrieg, der ihn 1986 an die Macht brachte, nachdem das Militär ein Jahr zuvor Oboe gestürzt hatte.
Museveni führte die Monarchie in Buganda wieder ein, die aber mehr symbolischen Charakter hat.
1994 wurde eine verfassunggebende Versammlung gewählt, aber auch die Zulassung von Parteien eingeschränkt. Doch 2005 stimmten die Ugander bei einem Referendum für die Einführung eines Mehrparteiensystems. Im gleichen Jahr beschließt das Parlament die Aufhebung der Beschränkung der Amtszeit des Präsidenten. Im Februar 2006 fanden die ersten Parlaments- und Präsidentschaftswahlen seit 1980 statt, bei denen mehrere Parteien und Kandidaten offiziell zugelassen waren. Präsident Museveni wurde für weitere 5 Jahre im Amt bestätigt.
Am 18. Februar 2011 wurden erneut Wahlen abgehalten. Die Oppositionsparteien haben sieben Präsidentschafts-kandidaten ins Rennen geschickt; aussichtsreichster Kandidat war Kizza Besigye. Das Wahlergebnis hat Amtsinhaber Museveni mit einer 2/3 Mehrheit im Amt bestätigt. Die Wahlbeteiligung betrug 59 %.